Durante veinticinco años Mendaña intentó hacer un segundo viaje para colonizar las Islas Salomón. Aunque tenía la aprobación del rey, se encontró con el rechazo de las autoridades coloniales, descontentas con los resultados del primer viaje, y con la de los enemigos de su tío, que había muerto.

Fue el nuevo virrey, García Hurtado de Mendoza, IV marqués de Cañete, quien patrocinó la nueva expedición

gracias a la influencia de la mujer de Mendaña, Isabel de Barreto.

Se organizó como una expedición privada donde el virrey aportaba los efectivos militares, en tanto que Mendaña convencía a mercaderes y colonos para participar en la aventura. El objetivo era establecer una colonia en las Islas Salomón impidiendo que los piratas ingleses encontraran un refugio en el Pacífico desde donde pudieran atacar las Filipinas o la costa americana. Se embarcaron unas 400 personas, entre las que se encontraban pasajeros con sus mujeres y esclavos dispuestos a fundar una colonia. Acompañaban al general su mujer Isabel de Barreto y tres cuñados. El piloto mayor de la expedición, y capitán de la nave principal era el portugués Pedro Fernández de Quirós.

Los cuatro barcos eran:
San Gerónimo, nave capitana, galeón de 200 a 300 toneladas. Capitán y piloto mayor: Pedro Fernández de Quirós.
Santa Ysabel, nave almirante, galeón de 200 a 300 toneladas. Capitán Lope de Vega. Desapareció el 7 de septiembre de 1595.
San Felipe, galeota de 30 a 40 toneladas. Propietario y capitán Felipe Curzo. Desapareció el 10 de diciembre de 1595.
Santa Catalina, fragata de 30 a 40 toneladas. Propietario y capitán Alonso de Leyra. Despareció el 19 de diciembre de 1595.
La segunda expedición partió también del puerto de El Callao y, después de hacer escala en Paita, encontró las Islas Marquesas que bautizó en honor al virrey, el marqués de Cañete. Durante diez días exploró las islas del sur del archipiélago. De nuevo de camino hacia el oeste, pasó por delante de una de las islas Cook y de una de las Tuvalu, hasta llegar a las islas de Santa Cruz, archipiélago del sur de las Islas Salomón. Al pasar junto a Tinakula, un volcán que se encontraba en plena actividad, desapareció la Santa Isabel.

Fundó una colonia en las islas Santa Cruz, pero enfermó de malaria y perdió el control de la situación. Los soldados cometieron crímenes y excesos con los indígenas y se produjo un intento de rebelión. El 18 de octubre de 1595 murió Mendaña y se hizo cargo de la expedición su mujer Isabel de Barreto. Al deteriorarse la situación, decidieron abandonar la colonia y poner rumbo a las Filipinas. Por el camino se perdieron la San Felipe y la Santa Catalina y sólo llegaron al puerto de Manila la San Gerónimo, guiada por Pedro Fernández de Quirós.
Bibliografía consultada:
- Revista General de Marina
- Historia Marítima Española. Francisco Javier Oubiña Oubiña.
- Enciclopedia General del Mar.
- Wikipedia. https://es.wikipedia.org.
- https://www.pinterest.es
- http://armada.mde.es/ArmadaPortal/page/Portal/ArmadaEspannola/conocenos_historia.
- Diversos foros como:
- foro.todoavante.es
- foro.todoababor.es
- https://foronaval.com
- https://blogcatedranaval.com
- spanishnavalhistory.blogspot.com
- https://vadebarcos.net
- mapasilustrados.com
- hispanismo.org
- navalaction.com